NVSPL genominė stebėsena yra strateginis Lietuvos pajėgumas

NVSPL genominė stebėsena prasidėjusi nuo pirmos genominės pandemijos stebėsenos išaugo iki nacionalinės sistemos. Šiandien viso genomo sekoskaita naudojama ne tik nustatyti, koks sukėlėjas sukėlė infekciją, bet ir palyginti skirtingus atvejus, stebėti patogenų genetinius pokyčius, tirti protrūkius ir nustatyti antimikrobinį atsparumą lemiančius genus. NVSPL per COVID 19 pandemiją įdiegti sekoskaitos pajėgumai yra toliau naudojami ir plečiami kitiems patogenams.

Lietuvos genominiai duomenys yra tarptautinės stebėsenos dalis

Lietuvos indėlis matomas ir tarptautinėse duomenų bazėse. 2026 m. balandžio 30 d. GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) buvo pateikta apie 46,7 tūkst. SARS CoV 2 genomų. Tai daugiau nei pateikė Latvija (27,8 tūkst.) ir Estija (apie 17 tūkst.).

Tačiau šiandien sekoskaita NVSPL apima ne tik SARS-CoV-2. Nors bendras nuskaitytų genomų skaičius nedidėja, didėja jų įvairovė ir taip kuriama didesnė pridėtinė vertė už paprastos genominės stebėsenos ribų vienam patogenui.

Nuo virusų iki bakterijų, protrūkių ir antimikrobinio atsparumo

Šiuo metu atliekama SARS-CoV-2, gripo virusų ir RSV (respiracinio sincitinio viruso) genominė stebėsena ir sparčiai plečiama bakterijų sekoskaita. Sekvenuojamos per maistą ir vandenį plintančios bakterijos: Salmonella spp. ir Campylobacter spp., taip pat hospitalinėms infekcijoms ir protrūkiams svarbūs patogenai – Klebsiella spp. ir Acinetobacter baumannii.

Bakterijų VGS (viso genomo sekoskaita) leidžia palyginti skirtingų pacientų patogenus, nustatyti jų genetinį giminingumą ir aptikti atsparumą vaistams. Viso genomo stebėsena leidžia labai tiksliai nustatyti giminingumą tarp patogenų ir nustatyti patogeno plitimo kelius, įvertinti ar tai yra vienas protrūkis, ar patogenai yra įvežtiniai ir tarpusavyje nesusiję. Bakterinių infekcijų protrūkių atveju tokia genominė stebėsena reikšmingai padeda nustatyti protrūkio šaltinį, stebėti eigą ir užkirsti kelią tolesniam plitimui.

Genominės stebėsenos praktinę vertę tiesiogiai parodė ir 2026 m. Europoje tirtas tarptautinis Salmonella enterica serotipo Stanley protrūkis. Lietuvoje išskirtos S. Stanley bakterijos buvo palygintos su kitose Europos valstybėse nustatytomis versijomis. Dalis jų pasirodė genetiškai artimos su protrūkiu siejamomis bakterijomis, kas parodė, kurie atvejai yra įvežtiniai ir susiaurino šaltinio paieškas. Tai yra ypač aktualu su maistu plintantiems patogenams, nes nustačius šaltinį galima greitai pašalinti užkrėstus produktus iš prekybos.

Nacionalinį pajėgumą būtina išlaikyti

Tam, kad sekoskaita būtų naudinga visuomenės sveikatai, neužtenka vien laboratorinės įrangos. Reikalingi specialistai, bioinformatinė infrastruktūra, tinkamas mėginių atrinkimas ir paruošimas, duomenų analizė bei rezultatų interpretavimas. Todėl svarbu šiuos pajėgumus išlaikyti ne tik protrūkių ar kitų krizių metu, bet ir tarp jų. Nuolatinės NVSPL vykdomos sekoskaitos ir darbuotojų kompetencijų kėlimo dėka vykdoma aktyvi stebėsena esamuoju metu ir palaikomas pasirengimas ryškesniems protrūkiams, kur sekoskaita būtų dar naudingesnė.

Taigi, pandemijos metu sukurta infrastruktūra NVSPL toliau naudojama, kaip pagrindas platesnei nacionalinei genominės stebėsenos sistemai. Jos apimtis plečiama nuo reprezentacinės virusų stebėsenos iki bakterinių patogenų, protrūkių tyrimų ir antimikrobinio atsparumo stebėsenos.

Informacija iš: